Foire aux questions

CRITÈRES D’ADMISSIBILITÉ : PATIENTS ET ÉCHANTILLONS

1. Quels sont les critères d’admissibilité des patients à ce programme?

Tous les patients qui sont porteurs de tumeurs solides métastatiques ou dont la résection chirurgicale est susceptible d’entraîner une morbidité grave et pour qui il n’y a pas d’autres options thérapeutiques satisfaisantes répondent aux critères d’admissibilité.

2. J’ai besoin d’analyses pour plusieurs patients. À quels patients ces analyses s’adressent-elles?

En fonction des critères d’admissibilité énumérés ci-dessus, les analyses de fusion de gènes NTRK peuvent être effectuées chez les patients qui présentent les types tumoraux suivants :

  • Types tumoraux qui hébergent fréquemment des fusions de gènes NTRK (p. ex. : fibrosarcome infantile, néphrome mésoblastique congénital, carcinome sécrétoire analogue mammaire, cancer sécrétoire du sein)1.
  • Types de tumeurs couramment diagnostiquées (p. ex. cancer du poumon et cancer colorectal) qui, selon des tests d’exclusion, n’hébergent pas d’autres altérations oncogènes.
  • Patients atteints d’un cancer colorectal (CCR) avec instabilité microsatellitaire élevée et déficience de réparation des mésappariements (MSI-H/dMMR)2-4.
  • Patients atteints d’un cancer de la thyroïde, d’un cancer des glandes salivaires ou d’un sarcome.

Références : 1. Cocco E, et al. NTRK  fusion-positive cancers and TRK inhibitor therapy. Nature Reviews Clinical Oncology 2018;15:731–47. 2. Pietrantonio F, et al. ALK, ROS1, and NTRK Rearrangements in Metastatic Colorectal Cancer. J Natl Cancer Inst 2017;109(12). 3. Chou A, et al. NTRK gene rearrangements are highly enriched in MLH1/PMS2 deficient, BRAF wild-type colorectal carcinomas-a study of 4569 cases. Mod Pathol 2019, doi.org/10.1038/s41379-019-0417-3. 4. Jiao X, et al. Co-occurrence of NTRK  fusions with other genomic biomarkers in cancer patients. ESMO 2019. Abstract no. 485P.

3. Comment puis-je accéder au programme FastTRK et quel formulaire de demande dois-je utiliser?

  • 1 Cliquez ici pour télécharger le formulaire de demande approprié. Vous devrez indiquer le nom de votre centre hospitalier (le laboratoire d’analyse sera différent selon votre emplacement géographique). Veuillez utiliser le formulaire de demande approprié.
  • 2 Veillez à ce que les sections sur l’admissibilité du patient et sur le consentement soient remplies.
  • 3 Communiquez avec le service de pathologie local pour envoyer une copie du formulaire de demande dûment rempli et les échantillons du patient requis au laboratoire d’analyse. Veuillez vous reporter à la section des renseignements sur les échantillons pour obtenir plus de renseignements.
  • 4 Les coûts d’expédition associés à l’envoi et au retour par la poste des échantillons, entre le centre hospitalier et le laboratoire d’analyse centralisé, sont assumés par le programme Fast TRK. Veuillez consulter la section des renseignements sur l’expédition présentée dans le formulaire de demande.
  • 5 Le temps d’exécution pour obtenir le rapport d’analyse est de 2 à 15 jours ouvrables selon les résultats des analyses

4. Pouvez-vous définir les patients atteints d’un cancer du poumon ou d’un cancer colorectal qui seraient admissibles au dépistage dans le cadre de ce programme? 

Actuellement, Fast TRK (programme d’analyse clinique des fusions de gènes NTRK ) est offert aux patients qui présentent des tumeurs solides métastatiques ou dont la résection chirurgicale est susceptible d’entraîner une morbidité grave et pour qui il n’y a pas d’autres options thérapeutiques satisfaisantes. Plus particulièrement, les patients présentant des types de tumeurs couramment diagnostiquées (p. ex. cancer du poumon et cancer colorectal) qui, selon des tests d’exclusion, ne seraient pas associées à d’autres altérations oncogènes, seraient admissibles à ce programme d’analyse. Par ailleurs, les patients atteints d’un cancer colorectal avec statut MSI-H/dMMR1-3 ont été associés à un segment de patients plus fréquemment susceptibles de présenter une fusion de gènes NTRK.

Références : 1. Pietrantonio F, et al. ALK, ROS1, and NTRK Rearrangements in Metastatic Colorectal Cancer. J Natl Cancer Inst 2017;109(12). 2. Chou A, et al. NTRK gene rearrangements are highly enriched in MLH1/PMS2 deficient, BRAF wild-type colorectal carcinomas-a study of 4569 cases. Mod Pathol 2019, doi.org/10.1038/s41379-019-0417-3. 3. Jiao X, et al. Co-occurrence of NTRK  fusions with other genomic biomarkers in cancer patients. ESMO 2019. Abstract no. 485P.

5. Les patients qui présentent d’autres altérations génomiques connues (p. ex. : KRAS) sont-ils admissibles aux analyses?

Conformément aux lignes directrices sur les tests d’exclusion présentées dans le feuillet d’information Fast TRK, l’absence d’autres altérations génomiques (comme KRAS) n’est pas obligatoire pour que le patient soit admissible au programme d’analyse de fusion de gènes NTRK commandité par Bayer. Toutefois, la maladie doit néanmoins répondre aux principaux critères, à savoir : présence de tumeurs solides métastatiques ou dont la résection chirurgicale est susceptible d’entraîner une morbidité grave et pour lesquelles il n’y a pas d’autres options thérapeutiques satisfaisantes.

Le Dr Jiao et ses collaborateurs ont présenté leur recherche dans le cadre de l’ESMO en 2019 à Barcelone sur la cooccurrence des fusions de gènes NTRK avec d’autres biomarqueurs génomiques chez les patients atteints d’un cancer4. Cette étude rétrospective regroupait des patients atteints d’un cancer et issus d’une base de données dépersonnalisées gérées par Flatiron Health–Foundation Medicine (Clinico-Genomic Database ou CGDB; version de novembre 2018) dont les tumeurs avaient fait l’objet d’un profil génomique complet (CGP) entre janvier 2011 et juillet 2018. Pendant cette période, FoundationOne s’est servi d’un ensemble évolutif d’appâts pour la détection des gènes NTRK 1, 2 et 3. Les ensembles d’appâts ont procuré une couverture complète de tous les exons codant pour les gènes NTRK 1, 2 et 3; la couverture des introns pour les gènes NTRK 1, NTRK 2 et ETV6 a varié selon l’analyse réalisée. Dans cette étude, des données tirées de 15 971 échantillons de tumeurs évaluables dans le cadre de 18 types histologiques tumoraux distincts ont été examinées. La cooccurrence des biomarqueurs ALK, BRAF, ERBB2, EGFR, ROS1 et KRAS s’est révélée peu courante chez les patients présentant des fusions de gènes NTRK, ce qui laisse entendre que les fusions de gènes NTRK sont les principaux facteurs oncogènes des tumeurs les hébergeant. En outre, selon les données de cette étude particulière, la cooccurrence des fusions de gènes NTKR avec modifications KRAS, bien que peu courante, a été observée dans 3/29 échantillons présentant une fusion des gènes NTRK positive (2 CCR et 1 cancer du poumon). Ces renseignements soulignent d’une part, l’importance des fusions de gènes NTRK comme cibles concrètes pouvant être traitées par médicaments et, d’autre part, le besoin d’un dépistage des fusions de gènes NTRK pour les différents types de tumeurs solides.

Références 1. Jiao X, et al. Co-occurrence of NTRK  fusions with other genomic biomarkers in cancer patients. ESMO 2019. Abstract no. 485P.

6. Quelle est la façon la plus efficace d’effectuer le dépistage des fusions de gènes NTRK parmi les patients atteints d’un CCR?

Les données disponibles issues de trois études indépendantes1-3 indiquent que les fusions de gènes NTRK chez les patients atteints d’un CCR sont beaucoup plus fréquentes chez les patients présentant un MSI-H/dMMR/BRAF de type sauvage (la présence de MSI-H/dMMR a été établie dans les trois études utilisées, la présence de BRAFV600E a été établie dans deux des trois études). Dans leur étude, Pietrantonio F. et ses collaborateurs (J Natl Cancer Inst. 1er déc. 2017;109(12). doi: 10.1093/jnci/djx089) ont démontré que 77 % des patients atteints d’un CCR avec fusion de gènes NTRK présentaient également un MSI-H (10/13) et un BRAF de type sauvage (13/13 patients avec fusion des gènes NTRK 1/3). Dans une autre étude, Chou et ses collaborateurs (Mod Pathol (2019) doi:10.1038/s41379-019-0417-3) ont observé que 89 % des cas recensés de CCR avec fusion positive de gènes NTRK (8/9, patients atteints d’un CCR avec fusion positive de gènes NTRK recensés à partir de 4 569 cas consécutifs) présentaient une dMMR (perte de MLH1/PMS2) et 100 % n’avaient pas la mutation BRAFV600E (9/9). Dans une analyse rétrospective distincte publiée dans le cadre d’ESMO 2019 (présentée le 28 sept. 2019 et intitulée « Co-occurrence of NTRK  fusions with other genomic biomarkers in cancer patients », résumé no 485P) portant sur 29 patients atteints d’un cancer avec fusion de gènes NTRK, on a observé que 75 % des cas de CCR avec fusion positive de gènes NTRK pour lesquels le statut MSI était connu (3/4 sur un total de 7 patients atteints d’un CCR avec fusions de gènes NTRK ) ont présenté une MSI-H. Par conséquent, bien que l’identification de tous les patients atteints d’un CCR avec fusions de gènes NTRK exigerait une détection par NGS systématique, en agrégat, les données disponibles indiquent que la détection NTRK effectuée par MSI-H/BRAFV600E double négatif ou MLH1/PMS2/BRAFV600E triple négatif (moins de 4 % de tous les cas de CCR) pourrait permettre de repérer la majorité des patients atteints de CCR avec fusion positive de gènes NTRK. Ce résumé est à jour en date du 12 décembre 2019.

Références : 1. Pietrantonio F, et al. ALK, ROS1, and NTRK Rearrangements in Metastatic Colorectal Cancer. J Natl Cancer Inst 2017;109(12). 2. Chou A, et al. NTRK gene rearrangements are highly enriched in MLH1/PMS2 deficient, BRAF wild-type colorectal carcinomas-a study of 4569 cases. Mod Pathol 2019, doi.org/10.1038/s41379-019-0417-3. 3. Jiao X, et al. Co-occurrence of NTRK  fusions with other genomic biomarkers in cancer patients. ESMO 2019. Abstract no. 485P.

7. Que se passe-t-il après le diagnostic de fusion de gènes NTRK?

Si le consentement a été fourni dans le formulaire de demande, le Service des affaires médicales de Bayer pourrait communiquer avec le clinicien afin d’obtenir d’autres renseignements médicaux.

TRAITEMENT DES ÉCHANTILLONS ET DÉROULEMENT DES ANALYSES

8. Comme première étape, puis-je envoyer tout juste suffisamment de lames pour effectuer le dépistage par IHC au moyen du pan-TRK?

Si vous n’avez qu’une petite quantité d’échantillons, vous pouvez envoyer une quantité suffisante pour effectuer le dépistage par IHC au moyen du pan-TRK d’abord. Si le résultat de cette analyse révèle la présence de protéines TRK, le rapport d’IHC indiquera que vous pouvez envoyer d’autres lames pour confirmer la présence d’une fusion de gènes NTRK par NGS. Un nouveau formulaire pour cette nouvelle demande devra cependant être rempli. Veuillez consulter le formulaire de demande pour obtenir des renseignements plus précis sur les exigences en matière d’échantillons.

9. Dans les cas de cancer du poumon et de cancer colorectal, devons-nous fournir de la documentation qui indique l’exclusion d’autres oncogènes pilotes connus?

Les analyses des fusions de gènes NTRK doivent être réalisées pour les patients présentant des types de tumeurs couramment diagnostiquées (p. ex. cancer du poumon et cancer colorectal) qui, selon des tests d’exclusion, ne comportent pas d’autres altérations oncogènes. Toutefois, la documentation des résultats d’analyse ne représente pas une « condition préalable » à la participation au programme Fast TRK. Veuillez prendre note que Fast TRK est un programme d’analyse clinique gratuit visant à diagnostiquer les fusions de gènes NTRK lorsque l’analyse est principalement motivée par le soupçon d’une fusion de gènes NTRK.

10. Qui assume les frais d’expédition des échantillons tumoraux?

Bayer assumera les frais d’expédition des échantillons au laboratoire Fast TRK, ainsi que les frais de renvoi à votre centre hospitalier. Veuillez communiquer avec Bayer pour obtenir l’information et le numéro de compte du service de messagerie.

11. Notre laboratoire dépiste couramment par IHC les fusions de gènes NTRK. Pouvons-nous simplement envoyer les échantillons dont les résultats à l’analyse pan-TRK par IHC sont positifs au programme FastTRK à des fins de confirmation par NGS ou est-ce que Bayer doit à la fois réaliser les analyses par IHC et NGS dans le cadre de ce programme?

Oui, les échantillons dont le résultat à l’analyse pan-TRK par IHC est positif peuvent être envoyés au programme Fast TRK pour analyse immédiate par NGS. Le programme Fast TRK ne doit pas exclusivement faire réaliser les analyses par IHC dans un laboratoire de son ou de ses fournisseurs de services tiers. Veuillez l’indiquer dans la section du formulaire de demande intitulé « Antécédents d’analyse », en précisant que les résultats de cet échantillon se sont révélés positifs pour la protéine TRK. Un rapport de pathologie indiquant les résultats positifs pour la surexpression de la protéine TRK obtenus au moyen d’une analyse par IHC réalisée par un laboratoire certifié de pathologie doit accompagner le formulaire de demande et être expédié avec l’échantillon du patient.

12. Y a-t-il un protocole/algorithme à respecter quant à l’analyse à effectuer selon le type d’échantillon? IHC ou NGS?

Les types de tumeurs connus pour héberger fréquemment des fusions de gènes NTRK (p. ex. fibrosarcome infantile, néphrome mésoblastique congénital, carcinome sécrétoire analogue mammaire et cancer sécrétoire du sein) ou les régions endogènes qui renferment la protéine TRK, telles que les tissus neuronaux, subiront au préalable un séquençage de nouvelle génération (NGS). Toutefois, l’analyse des types de tumeurs couramment diagnostiquées (p. ex. cancer du poumon ou de la thyroïde, sarcomes de tissus mous, cancer colorectal, etc.) qui sont reconnues pour héberger des fréquences plus faibles des fusions de gènes NTRK sera réalisée à l’aide d’une analyse de dépistage pan-TRK par IHC, dans le but de détecter la surexpression de la protéine TRK. Seuls les échantillons positifs à l’issue de l’IHC seront soumis à une analyse moléculaire effectuée à l’aide d’un séquençage de nouvelle génération.

13. Comment collaborer avec le département de pathologie pour obtenir un échantillon de patient? Est-ce que le programme FastTRK en assure la coordination?

Les laboratoires d’analyse du programme Fast TRK n’assureront aucune coordination en vue de l’obtention d’échantillons des établissements demandeurs. Vous devez coordonner la collecte de l’échantillon avec votre département de pathologie. Si l’échantillon du patient se trouve dans un autre hôpital, le médecin qui en fait la demande doit assurer la coordination de la collecte avec le département de pathologie de l’hôpital pour remplir le formulaire, puis l’envoyer à celui-ci (télécopie/courriel, conformément aux exigences en matière de confidentialité des établissements concernés). Le département de pathologie de l’hôpital en question doit joindre une copie du formulaire de demande dûment rempli à l’échantillon du patient avant de l’expédier au laboratoire de service aux fins d’analyse.

14. Qui peut effectuer une demande d’analyse de fusion de gènes NTRK ? Les oncologues sont-ils les seuls autorisés à le faire?

Dans la plupart des cas, cette demande d’analyse sera effectivement assurée par un oncologue. Cependant, si votre établissement procède systématiquement à des analyses dans les cas de certains types ou stades spécifiques de cancer, l’anatomopathologiste pourrait aussi s’occuper de la demande d’analyse des fusions de gènes NTRK. Cela pourrait être pertinent dans les cas de types de tumeurs qui sont reconnues pour héberger fréquemment des fusions de gènes NTRK (p. ex. fibrosarcome infantile, néphrome mésoblastique congénital, carcinome sécrétoire analogue mammaire et cancer sécrétoire du sein) ou dans les cas de types de tumeurs couramment diagnostiquées (p. ex. cancer du poumon ou cancer colorectal) qui sont reconnues pour ne présenter aucune autre mutation pilote.

15. Combien de temps faut-il au laboratoire FastTRK pour renvoyer les échantillons après l’analyse?

Les échantillons des patients seront retournés par le laboratoire Fast TRK immédiatement après la fin de l’analyse. Les échantillons seront renvoyés par un service de messagerie de 24 h.

16. Et si j’ai d’autres questions?

Veuillez relire le formulaire de demande pour obtenir des renseignements additionnels, notamment sur l’expédition et la préparation des échantillons, sur les critères d’admissibilité des patients, sur les spécifications techniques des analyses, etc. Pour toute autre question, les professionnels de la santé sont invités à envoyer un courriel à fasttrk@bayer.com afin de parler avec un représentant du Service des affaires médicales de Bayer.